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高新认证存在的一些问题
大致分为以下几类：
1、高新认证机构存在问题：追求认定数量，认定把关不严;认定后疏于跟踪管理，对不符合认定标准的问题处理不及时。
2、高新申报企业存在问题：主要在核心自主知识产权、研发费用归集、高新技术产品(服务)收入核算方面不达标;个别企业申报材料造假。这些问题主要还是院子申报高新企业资质的企业本身就并不重视研发。
3、中介机构存在问题：不少高新认定中介机构根本就不具备规定的资质条件;还存在一些出具虚假及不规范的审计报告的行为。
4、评审专家存在问题：存在超限打分的情况。
企业为什么要认定为高新技术企业
一、企业认定为高新技术企业后，企业技术研发费可以加计扣除。
企业技术研发费加计扣除政策是国家促进企业科技创新含金量最高、最实惠的条款。假如一个企业一年的技术研发费为l000万元，加计50%tH除，就是在企业缴纳所得税前按l500万元扣除，假如企业为一般企业，企业所得税率为25%，则企业可少缴所得税375万元(1500万X25%)，若企业为高新技术企业，企业所得税率为15%，则企业可少缴所得税225万元(1500万元×15%)，因此，不管企业是高新技术企业还是非高新技术企业，这项政策的落实都可以为企业带来实实在在的好处。有的企业说，我享受地方政府招商引资的优惠政策，入库税收地方留存部分全额扶持，因此，落不落实此项政策没关系。其实，企业不知道，享受国家政策用的是中央财政的资金，享受地方扶持仅有地方所得部分，差距很大。比如，一个企业技术研发费100万元，企业执行技术研发费加计扣除政策，少缴所得税(100
万元+50万元)×税率15%=22.5万元，企业实得22.5万元。若企业不执行此政策，则缴纳所得税(100万元×税率15%=15万元)，地方留存l5万元×40%=6万元(40%地方留存，60%上缴中央财政)，地方全额扶持企业，则企业实得6万元。因此，享受招商引资优惠政策的企业也要按国家规定落实企业技术研发费加计扣除的政策。过去企业技术研发费认定实行的是企业自行认定，税务部门事后监管，使其很多企业担心归集不正确受到税务部门的处罚而放弃了此优惠政策的落实。此次高新技术企业认定，为落实此项政策帮助企业支了一个招，就是请有资质的税务师事务所进行鉴证，用第三方中介机构来承担此项事务、协助落实此项优惠政策。
二、企业认定为高新技术企业后可以更加明确发展方向。
当前的世界金融海啸，逼迫企业创新发展。企业创新什么?发展什么?都非常迷茫。国家通过高新技术企业认定，发布国家鼓励的高新技术领域，就可以有的放矢地引导企业进入高新技术领域、运用高新技术改造传统产业，进而提升企业的发展质量和水平，引导企业向又好又快的方向发展。
三、企业认定为高新技术企业后可以形成更强的核心竞争力。
企业的核心竞争力主要表现在企业拥有的专利的质量和数量上。由于世界经济一体化的到来，发达国家利用专利遏制中国企业的发展手法娴熟，很多企业吃尽了苦头。高新技术企业认定，把企业拥有专利数特别是发明专利数作为一票否决指标，逼着企业去创造、申请、保护专利，进而形成核心竞争力。这是在当前国人普遍知识产权意识缺乏的情况下，政府没办法而权宜之。有企业说，专利要公开，别人更好仿制，我用企业秘密保护、效果更好。这要区别对待。若用企业秘密保护，企业必须要有非常高超的技巧，如可口可乐的配方，几百年就通过商业秘密保护，无人知晓，但我们众多的企业技术秘密，由于企业技术人员特别是高层管理人员跳槽而导致泄密，维权取证很困难，特别是要认定为技术秘密更困难。如果申请了专利，在公证员的配合下，将产品买回来，或将技术工艺用摄像机照回来，一解剖是否在专利保护范围内就可以了，维权容易得多。当然，申请专利能否维权，与专利代理人申请专利时提出的权利要求有很大关系，因此，要请熟悉业务的专利代理人代理申请专利，企业形成的核心竞争力才能得到有效保护。企业要善于运用专利和技术秘密两种手段，来保护自己、发展自己。
四、企业认定为高新技术企业后可以更加规范的进行内部管理。
这次高新技术企业认定，增加了有资质的会计师事务所和税务师事务所帮助企业归集资料，对企业规范内部管理有十分积极的促进作用。可以这样说，企业通过高新技术企业认定，现代企业管理制度将会得到进一步落实，企业的管理水平将有明显提升，企业的效率将会显著提高，真正体现高新技术蓬勃发展的生机和活力。
五、企业人地个为高新技术企业后可以拥有更好的品牌形象。
高新技术企业在人们头脑中受到尊崇，普遍认为高新技术企业环境是好的，设备是先进的，管理是科学的，创新是前沿的，质量是过得硬的，活力是强的，是企业的一张名片，有了这张名片，就等于向世人宣布，这是国家重点扶持的企业，是一个发展态势好、创新能力强、管理水平高、有发展前途的企业，是一家好企业。因此，大家普遍看好高新技术企业，做生意的，愿意同高新技术企业合作，选择就业，优先想到高新技术企业，部门扶持，重点倾向高新技术企业。人们往往把高新技术企业当作好企业，当作现代化企业的代名词。
六、企业被认定为高新技术企业后能更多地获得当地社会资源的支持。
由于国家把高新技术企业作为建设创新型国家的重要组成部分，属于重点支持发展的产业，因此，一旦企业被认定为高新技术企业，就能更多地获得当地社会资源的支持，包括金融、土地、财税、科技项目等等的优先权。
七、企业认定为高新技术企业后可以依法享受税收优惠。
依据《中华人民共和国企业所得税法》及其《实施条例》、《中华人民共和国税收征收管理法》及其《实施细则》规定，国家需要重点扶持的高新技术企业减按l5%征收企业所得税。同时，依据财税字(1999)273号文件规定，高新技术企业进口所需的自用设备及按照合同随设备进口的技术及配套件、备件，除按照国发E[1997]37号文件规定《国内投资项目不予免税的进口商品目录》所列商品外，免征关税;引进《国家重点支持的高新技术领域》所列的先进技术，按合同规定向境外支付的软件费(包括向境外卖方支付的专利费、商标费以及专有技术、计算机软件和资料等费用)，免征关税等。
八、企业认定为高新技术企业后可以依照《纲要》优先获得政府支持。
国务院关于印发实施《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006～2020年)》若干配套政策的通知(国发E200636号)中有关金融支持、科技保险、政府采购、外汇管理等方面，对高新技术及高新技术企业制定了若干优先权政策;四Jll省人民政府关于印发加强自主创新促进高新技术产业发展若干政策的通知(川I府发[2007]23号)，对高新技术产业发展制定了若干扶持政策。这次按照条件，通过认定的高新技术企业，都可以享受这些政策。同时，认定了的高新技术企业，还可享受科技保险的保费补贴;还可通过创业投资融资。只有高新技术企业，科技保险费用才能归集到技术研发费，才能得到各级科技资金的补贴：创业投资只有投资于未上市的高新技术企业，满2年以上的，才可以按照其投资额的70%，在股权持有满2年的当年，抵扣该创业投资企业的应纳税所得额。
九、加计扣除企业研究开发费用。
根据国家税务总局关于印发《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》[国发(2008)116号]的通知，企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南(2007年度)》规定项目的研究开发活动，其在一个纳税年度中实际发生的研究开发费用，允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除。因此，高新技术企业从事的研究开发活动，一般符合上述领域，顺理成章的享受加计扣除企业研究开发费用的政策。
高新技术企业认定研发费用界定的几个要点
首先，对于研发活动本身的界定，需要有严格的标准和范围。研发活动是高新企业为了获得研发成果而进行的创新和试验活动，与一般的企业活动不一样的是，这个活动至少应该对本地区或国家某种行业技术有明显的提升作用，能超过国内或者国际的同等水平，而不仅限与在原有技术的基础上的技术改造和革新。因此，在确定研发活动项目时，必须严格按照立项的标准和范围来立项，从而确定相关的费用是否支出。
其次，研发费用的的金额也需要要严格控制。研发费用的构成比较多，总体上来说可以分为有形费用(如原材料)和无形费用(如咨询费和外包费)两种。有形费用的估算相对容易和客观，可以通过一定的量化标准来得到数据。无形资产大多是在研发过程中消耗掉且具有虚拟的属性，因此估价相对较困难。研发费用一般都不是小数目，对于广大中小企业来说尤其如此，因此在估算时应该制定一套科学合理的标准。
第三，根据高新技术企业认定管理办法规定，研发费用最后的审计必须由具有资质的机构进行专项审计。企业最后申报的研发费用并非由企业自身定，而是交由专业的机构进行审计。企业在选择审计机构时，必须注意以下这几点：需要有独立的从业资格，且三年里无不良记录;注册会计师所占比重超过员工总数的五分之一，且员工数大于20 人。企业切忌贪图便宜而选择了没有资质的机构进行审计，导致高新技术企业认定无法通过，得不偿失。
高新技术企业认定财务核算要区分好哪些要素?
企业想要获得高新技术企业认定，除开专利技术之外，财务核算也是高新认证评审最看重的指标。因此，在做财务核算时，必须严格区分以下这些要素。
企业的研发材料和日常用料的区别：研发部门在领取研发材料时，领料单上除开一般领料需填报的资料外，必须严格注明领料的部门和人员属于研发部门和研发人员，材料的用途也应该表明是用于哪个科技项目，最好能注明材料书研发预算中已经明示的直接耗用材料的名称，这样能够一目了然的将研发材料和日常用料区别开来。还有研发设备、仪器的折旧费用也应该算入研发费用中来。
由于高新技术企业往往也是高耗能企业，因此燃料、水、电力等费用往往所占数目也不少，那么也需要严格区分研发用动力费用和非研发用动力费用。因此，不少成功做了高新技术企业认证的企业的经验是水、电、气、暖等动力管道通往研发场所的合适部位加装水表、电表等计量装置，分开计算。
企业研发人数数量比也是高新技术企业认定条件中的主要指标，除开社保证明之外，对研发人员和非研发人员的工资核算也应该分开做，研发人员和非研发人员的工资、奖金、加班费等必须分开统计，不要做在一张表上。除开社保和工资之外的其他待遇，比如一些奖励补贴，最好是将这部分企业的支出做非研发费用来处理。
软件企业高新技术企业认定收入如何认定?
目前，软件企业是我国高新技术企业认定的一大重要来源。软件企业除了可以做双软认定、各类有关软件技术的科技计划，高新技术企业认证也是不少软件企业志在必得要通过的科技项目。高新资质不仅是企业获得企业所得税优惠的重要凭证，更是不少企业自身综合实力的一种象征。
但是对于软件企业来说，由于所生产销售的是一种虚拟产品，不具有实物产品的特征，其销售收入的确认要比一般的产品要困难些。根据规定，软件产品构成销售收入应该必备同时符合以下几个要求：该项软件已转让给购买方，并由购买方出具验收凭证;销售合同的有关条款(如安装、测试)已经履行;已经收到货款或取得收取货款的凭据;相关成本能可靠地计量。从规定上看、交易合同、销售凭证、费用量化是其中最关键的几点。如果企业无法获得销售收入相关的凭证，那么在高新认定中销售收入这一块很难过关，因此在日常销售工作中应注意相关单据的收集整理。
与软件产品相关的研发费用的处理方法有2种，可以作为当期费用，或者可以是转作长期待摊费用，俟软件开发成功并实现销售后分期摊入费用，若开发失败则一次计入损失。但是由于软件研发的技术含量很高而且风险也比较大，按照稳健的原则，还是以计入当期费用为好。
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