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高新技术企业认定管理机构主要工作
各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构(以下称“认定机构”)，主要负责本行政区域内的高新技术企业认定工作;接受企业提出的高新技术企业资格复审;负责对已认定企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报;选择参与高新技术企业认定工作的专家并报领导小组办公室备案。
企业申报高新技术企业认定要注意的问题
(一)坚定信心。有的企业家听信社会传言，认为高新技术企业认定高不可攀，故不主动去学习钻研《认定办法》和《认定指引》，自己主动放弃了申报，自己失去了信心。这是高新技术企业认定的大忌。
(二)讲究技巧。高新技术企业有条件，但申报材料有技巧。比如高低压开关柜生产，不属于高新技术领域，但核电开关柜的研发与生产，就成了高新技术领域;又如简单的涂料生产，也不属于高新技术领域，但纳米涂料技术研发与生产，又成了高新技术领域等等，要尽量向国家规定的国家重点支持的高新技术领域(国科发火[2008]172号)靠拢。企业的研发项目名称也很重要。技改项目不能作为研发项目，因此，名称中一般不用技改而用研发、开发、研究等，这样才能归集为研发项目。还有企业拥有核心自主知识产权的问题，我们多数企业过去没有申报，现在感觉来不及，其实，中间的独占许可协议为我们创造了空间，我们可以去找从事相同领域研究的科研院所、大专院校，将他们拥有的这类专利签定独占五年的许可使用协议，不就解决了这一问题。有的同志说，不是要给很多费，其实不然，由于这些专利，大学教授多数将其作为课题结题的依据，作为一种荣誉。因此，花很少的钱就可实现上述目标，况且这部分经费可以作为技术研发费税前加计扣除的，如果企业认定为高新技术企业后按15%缴纳所得税，少缴10个百分点，节约的经费远远高出支付给专家的费用，也是划算的，同时，通过这种方式实现产学研的合作，对企业也是合算的。还有的是以企业法人代表个人名义申请的，这就更简单了，签订一个专利独占许可使用协议相当于自己与自己的企业签订协议，就更没有困难了。还有技术研发费占销售收入的比例问题，由于我们企业过去多数没有享受技术研发费加计扣除的政策，因而没有单独建账，这次正好请税务师事务所帮助归集，帮助建账。虽然这次麻烦点，但今后享受技术研发费加计扣除这一政策，可创造出几十万、几百万，甚至几千万元的利润，是值得的。况且这次税务师帮助建账是过去三年的，不存在税务部门在税前加计扣除的问题，不会引起税务部门的不满，因此，这个指标也是容易达到的。还有就是高新技术产品和服务的收入占企业销售收入的比例问题。企业内高新技术产品的销售收入和非高新技术产品的销售收入，是企业内部自己在做账，对各方面都没有影响，因此也是能够办到的。那些企业应有研究计划，经费预算，科研机构，产学研合作协议，奖励科技人员的激励机制等等，这些条款更不在话下，这是企业自己的事，没有补起就行了。因此，只要懂得申报技巧，对照条件查漏补缺，达到指标要求，申报就有希望了。
(三)坚决申报。要有申报不申报是我的事，批不批是你的事，我申报了还有机会，我不申报就永远没有可能的观念。要不怕麻烦，第一次麻烦过了，你就增长了一门本事，增长了一项就业的本领，以后再做类似的工作就不怕麻烦了，因此，要坚决主动地申报。当然，首次申报如果聘请一些中介机构作指导，申报的成功率会更高。具体中介机构请到当地科技局去咨询。
高新技术企业复审研发费用调整中需要注意的问题
1、与已申报研发费用数据的统一性
按照国税函[2009]203号文的要求，高新技术企业汇算清缴期间需要向税务机关报送研究开发费用结构明细。高新技术企业复审研发费用调整中，就要重点关注一下，已经向税务机关申报了的研发费用数额，否则容易引起自相矛盾的情，如果有矛盾，被查的几率很大。特别是已经做过研发费用加计扣除的高新企业，再次调整研发费用的余地更有限。
另外，很多高新技术企业往往都要按季度、月份向各地科技部门或者园区管委会报送高新企业相关数据，比如：产值、知识产权、研发费用等项目，本次对于研发费用的调整也应顾及到原已申报数据。
2、与研发项目、知识产权等要素统筹考虑
高新企业复审各要素是有密切联系的，不能孤立的调整一个因素，应作为一个整体，通盘考虑，这种调整才更有效率、科学，也更能符合高新技术企业的本质特点。
3、跨期的研发项目费用的问题
企业的研发项目通常都包括两种：当年完结的和跨年度的，跨年度的研发项目在核算研发费用时，应密切关注研发费用预算与研发项目验收报告，以合理分摊各年度的研发费用.
高新技术企业认定研发费用界定的几个要点
首先，对于研发活动本身的界定，需要有严格的标准和范围。研发活动是高新企业为了获得研发成果而进行的创新和试验活动，与一般的企业活动不一样的是，这个活动至少应该对本地区或国家某种行业技术有明显的提升作用，能超过国内或者国际的同等水平，而不仅限与在原有技术的基础上的技术改造和革新。因此，在确定研发活动项目时，必须严格按照立项的标准和范围来立项，从而确定相关的费用是否支出。
其次，研发费用的的金额也需要要严格控制。研发费用的构成比较多，总体上来说可以分为有形费用(如原材料)和无形费用(如咨询费和外包费)两种。有形费用的估算相对容易和客观，可以通过一定的量化标准来得到数据。无形资产大多是在研发过程中消耗掉且具有虚拟的属性，因此估价相对较困难。研发费用一般都不是小数目，对于广大中小企业来说尤其如此，因此在估算时应该制定一套科学合理的标准。
第三，根据高新技术企业认定管理办法规定，研发费用最后的审计必须由具有资质的机构进行专项审计。企业最后申报的研发费用并非由企业自身定，而是交由专业的机构进行审计。企业在选择审计机构时，必须注意以下这几点：需要有独立的从业资格，且三年里无不良记录;注册会计师所占比重超过员工总数的五分之一，且员工数大于20 人。企业切忌贪图便宜而选择了没有资质的机构进行审计，导致高新技术企业认定无法通过，得不偿失。
财务在高新技术企业申报前期的3大注意点是什么?
企业在高新技术企业认定申报的前期最主要的工作就是准备各项书面资料，最重要的就是专利技术资料和财务资料。其中财务资料包括了高新申报前3年的财务数据和相关会计科目的设置。由于财务是高新技术企业认定条件中要求最多的，因此其重要性不言而喻。在高新企业认定申报前期，在准备财务资料时应注意以下3点。
首先，提交的财务报告从内容到格式等都必须符合相关要求。由于财务报告是评审认定企业的财务状况和营业性收入等各项指标是否符合高新技术企业认定要求唯一可以看的东西。因此，各项财务报表如资产负债表、利润表、现金流量表、技术性收入比这些表格都要体现企业的“高新性”和严谨性。
其次，做高新企业认定的企业的各项指标也不能太低，必须达标。财务制度要求公司的研发负责人专门准备研发费用章。每次研发费用的发生都必须盖章并标注哪个研发项目。这样既不会漏记，也不会把不属于研发费用的发生列入其中。并且，为了进一步规范高新技术企业认定,国家还规定高新技术企业资质的企业的高新技术产品和服务的收入必须大于或者等于总收入的60%。这是一项重要的指标,实行一票否决制。
正确的设置会计科目，对于企业做高新技术企业认定的成败也尤为关键。高新技术企业的研发费用一项必须在资产负债表和利润表中得到体现,应当资本化的应当费用化的部分应当严格区分开来。
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